El control de las plagas se ha basado en el mantenimiento del equilibrio en las poblaciones de insectos, promoviendo la presencia de fauna auxiliar, siendo sus principales protagonistas los murciélagos y las aves insectívoras. Para ello, se han instalado más de 900 cajas nido, repartidas en casi todas las fincas de la Red.
Las cajas que se han instalado son de dos tipos, uno estándar y otro más específico denominado cajas de biodiversidad, que sirven tanto para aves insectívoras, como para murciélagos. Las cajas nido estándar tienen un tamaño de 20 x 12 x 12 cm y son de madera tratada de 10-12 mm de grosor, con un agujero frontal de 3 cm de diámetro. Las cajas de biodiversidad miden 50 x 17 x 17 cm, pesan 6 kg, están fabricadas con madera de primera de pino sueco y su grosor es de 35 mm. Tienen una tapadera de tablero marino de alta calidad y se sujetan con una gavilla lisa de 6 mm con protección anti-roedores y hormigas. En ambos casos, para su colocación se ha recurrido al asesoramiento de expertos en la materia.
