El Departamento de Especialidades Médico-Quirúrgicas está constituido por la mayoría de las especialidades quirúrgicas (cirugía, traumatología, urología, obstetricia y ginecología, y oftalmología), además de pediatría y anatomía patológica). A estas áreas están adscritos 14 profesores numerarios, 98 asociados, 2 miembros del PAS y 1 becario, los cuáles se distribuyen en distintas instalaciones del Campus Menéndez Pidal. A efectos docentes, administrativos y de gestión se agrupan en 5 secciones (Anatomía Patológica, Cirugía, Obstetricia y Ginecología, Oftalmología y Pediatría).

Su profesorado imparte docencia anualmente a unos 2000 alumnos de la Licenciatura de Medicina, a unos 50 licenciados en los Másteres oficiales y programas de doctorado, además de un número variable de estudiantes de Títulos Propios de la UCO y de Extensión Universitaria. El personal investigador forma parte de 6 grupos PAI y desarrolla una intensa actividad investigadora con financiación autonómica, nacional e internacional.