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GENETIC DIVERSITY OF CREOLE HENS OF THE COLOMBIAN SOUTHWEST
DIVERSIDAD GENéTICA DE LA GALLINA CRIOLLA DEL SUROCCIDENTE COLOMBIANO

Palacios, E.Y.1,2; Álvarez, L.1,2 @ and Muñoz, J.2

1Research Group on Animal Genetic Resources. National University of Colombia. Palmira. Colombia.
2Faculty of Agricultural Sciences. National University of Colombia. Palmira. Colombia.

Additional keywords
Conservation. Microsatellite. Genetic resource.
 
Palabras clave adicionales
Conservación. Microsatélite. Recurso genético.
 
SUMMARY
In Colombia, the Creole hen is a socially important species due to its nutritional value, easy reproduction, adaptability and hardiness. Therefore, it was necessary to assess its diversity and genetic relationships and structure. The aim of this study was to contribute to the biodiversity knowledge in the country and to the agricultural sustainable development through the study of the genetic diversity in Creole birds. A total of 224 Creole hen samples taken from the departments of Cauca, Caldas, Chocó, Nariño, Valle and from 20 commercial lines were analysed using 17 microsatellite markers. DNA was extracted using the Salting Out method and was further amplified by the polymerase chain reaction (PCR). The statistical analysis for the evaluation of genetic diversity was performed by using ARLEQUIN program Version 3.5, GENALEX Version 6.5, Microsatellite Toolkit and FSTAT software. The population structure was determined by using STRUCTURE software, version 2.3.4. A total of 79 alleles were identified for the populations; the average number of alleles per hen was 4.65 ± 1.66. The expected heterozygosity was higher than what was observed and varied from 0.59 in Chocó to 0.62 in Valle del Cauca. The FIS value was 0.40 (p<0.001). The genetic difference between Creole birds and commercial-line birds estimated by the FST value was 0.10 (p<0.001). The highest genetic distances were found between Caldas and the rest of populations, and the lowest distances were found between Nariño and Chocó. A high genetic diversity was estimated. However, a deficit in heterozygotes was detected, indicating mating between related individuals, which may favour the expression of undesired genes and genetic diseases, compromising viability and decreasing reproduction. Two groups were found: the first was formed by birds from Chocó, Nariño and Valle del Cauca and the second by Cauca and Caldas birds.
 
RESUMEN
En Colombia, la gallina Criolla es socialmente importante por su aporte nutricional, fácil reproducción, adaptabilidad y rusticidad. Por lo tanto, ha sido necesario conocer cómo es su diversidad, relaciones y estructura genética. El objetivo de este estudio fue ccontribuir al conocimiento de la biodiversidad del país y al desarrollo agropecuario sostenible, mediante el estudio de la diversidad genética de aves criollas. Se analizaron 224 muestras de ADN de gallina Criolla colombiana provenientes de los departamentos del Cauca, Caldas, Chocó, Nariño y Valle del Cauca, y 20 de líneas comerciales, mediante 17 marcadores microsatélites, realizándoles extracción de ADN por el método de Salting Out y posteriormente amplificando por reacción en cadena de la polimerasa (PCR). El análisis estadístico para evaluar la diversidad genética se realizó a través de los programas ARLEQUIN v. 3.5, GENALEX v. 6.5, Microsatellite Toolkit y FSTAT. La estructura de las poblaciones se determinó por el programa STRUCTURE v. 2.3.4. Se encontraron 79 alelos para las poblaciones. El número promedio de alelos para la gallina Criolla fue de 4,65 ± 1,66. La heterocigosidad esperada fue mayor que la observada y varió de 0,59 en Chocó a 0,62 en el Valle del Cauca. El FIS fue de 0,40 (p<0,001). La diferencia genética entre aves criollas y líneas comerciales estimada por el FST fue 0,10 (p<0,001). Las mayores distancias genéticas se encontraron entre Caldas y las demás poblaciones, mientras la menor fue entre Nariño y Chocó. Se observó una alta diversidad genética, sin embargo se detectó un déficit de heterocigotos, indicando apareamientos entre individuos emparentados, que pueden favorecer la expresión de genes indeseables y enfermedades genéticas, comprometer la viabilidad y disminuir la reproducción. Se encontraron dos agrupaciones, la primera conformada por aves de Chocó, Nariño y Valle del Cauca y la segunda del Cauca y Caldas.
 
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