A lo largo del curso 2006/07 se han otorgado, como cada año, los premios extraordinarios de las distintas titulaciones impartidas en la UCO, así como los premios extraordinarios de tesis doctorales por macroáreas. Entregados en el acto por la festividad de Santo Tomás de Aquino, en enero de 2007, en dicha celebración se hizo entrega de los galardones de Santo Tomás, premios que la Universidad de Córdoba otorga en sus distintas modalidades a personas, organismos, instituciones o empresas ajenas a la institución por su actividad relevante para el conjunto de la sociedad en relación con el desarrollo de la vida universitaria. En esta edición, estos premios recayeron en:

• Área de Cultura de la Excma. Diputación Provincial de Córdoba
• Empresa de Gestión del Medio Ambiente, S.A. (EGMASA)
• Universidad de Concepción de Chile
• Sr. D.José Luís Díaz Fernández, antiguo Gerente del Hospital Universitario Reina Sofía, actualmente Gerente del Complejo Hospitalario Universidad de Vigo

Asimismo, se otorgó la Medalla de Oro de la Universidad de Córdoba al Prof. Dr. D. Eugenio Domínguez Vilches, Rector de la UCO en el periodo 1998-2006, por su dedicación a la institución y logros conseguidos durante su mandato.