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1.
Analizadores Genéticos: 1.1.
Secuenciación de cadena simple de ADN
- Esta modalidad consiste en
la secuenciación automática
de un fragmento de ADN el cual se puede corresponder
con: ADN clonado en un vector plasmídico,
ADN incluido en un cósmido, BAC, Fago
y Producto de PCR.
En la Unidad se realiza la secuenciación
automática del DNA (cadena simple,
analítica, diagnóstica y a gran
escala) mediante electroforesis multicapilar
y usando la química más avanzada
disponible en el mercado: BigDye Terminator
v3.1 y dGTP BigDye Terminador v3.0 kit de
Applied Biosystems.
Para
utilizar este servicio consultar La “Guía
del usuario” disponible en el apartado de
“Formularios y Manuales”.
1.2. Análisis de Fragmentos
(Genotipado de ADN)
- Todas las tecnologías
que engloban a los marcadores moleculares
para la identificación de genotipos
de interés mediante análisis
de fragmentos son susceptibles de ser analizadas
a través de la instrumentación
existente en la Unidad de Secuenciación:
- Técnicas: Microsatélites
(STRs, VNTRs,etc..) ; SNP's : SnapShot,
SNPlex ; AFLPs ; SSCP ; AH ; Asignación
de tamaños, etc..
- Aplicaciones : Análisis genético;
Análisis de paternidades; Mejora
genética mediante la identificación
de estirpes, variedades o razas; Diagnóstico
de enfermedades genéticas e infecciosas;
Identificación de portadores; Asociación
de marcadores moleculares con caracteres
de interés; Controles de calidad
en diferentes industrias (alimentación,
farmacéutica, etc.); Diagnóstico
clínico, prenatal, etc...
- El servicio se encarga de la
etapa final de estas técnicas la cual
consiste en la cuantificación del tamaño
de los fragmentos de DNA proporcionados por
el usuario y generados en el desarrollo de
las técnicas mencionadas. Dicha cuantificación
se realiza en relación a estándares
internos que se añaden a las muestras
cuando se analizan mediante secuenciación
en electroforesis capilar. Se pueden utilizar
hasta 5 marcadores fluorescentes simultáneamente
(uno de ellos reservado para el marcador de
tamaños moleculares) y combinar diferentes
tamaños alélicos en la misma
muestra por lo que por cada capilar en una
misma electroforesis se pueden analizar multitud
de fragmentos.
Para
utilizar este servicio consultar La “Guía
del usuario” disponible en el apartado de
“Formularios y Manuales”.
1.3. Otras aplicaciones
- Existen otras aplicaciones que
son una combinación de las dos metodologías
descritas anteriormente (secuenciación
y análisis de fragmentos):
- Análisis de inicio de la trascripción
de genes
- DNA Footprinting mediante electroforesis
multicapilar
2. Microarrays o Biochips de ADN
- Nuestra Unidad también
incorpora la tecnología de los llamados
“biochips” de DNA o series de
DNA (“microarrays”) que se definen
como una matriz bidimensional de material
genético que permite el análisis
de un gran número de genes simultáneamente.
El equipamiento descrito anteriormente nos
permite incluir en nuestras prestaciones todas
las etapas de la cuales consta la metología
de los arrays. Esto abarca desde:
- Rearray de placas, purificación
de pCRs, etc…
- Impresión de Microarrays y Macroarrays
de diferente grado de densidad mediante
impresión (personalizada) de muestras
(productos de PCR y oligonucleótidos).
- Marcaje de las sondas y control de calidad
(integridad) de las mismas.
- Hibridación y lavados de los
arrays empleando la estación de
hibridación automatizada lo que
permite conseguir reproducibilidad en
el proceso y recuperación de las
sondas lo que permite su reutilización.
- Lectura de arrays de 2 fluoroforos para
la obtención de datos (crudos)
numéricos utilizando programas
informáticos específicos
(GenePix Pro4.1, etc…).
- Normalización y análisis
de datos.
Para
el uso de este servicio ponerse en contacto con
la Unidad
3.
PCR cuantitativa a tiempo real
- La instrumentación de la Unidad permite
todos los sistema de detección existentes
en el mercado (Syber-green, Sondas taqMan,
moléculas Bacon, etc...) y sus aplicaciones
son múltiples:
- Expresión/Cuantifiación
génica
- Discriminación alélica
mediante sondas Taq-Man
- Detección de microorganismos
- Detección y Cuantificación
de bacterias (Legionella, Saccharomyces,
E. coli, etc..), OGMs, etc..
- Análisis forenses
Para
el uso de este servicio ponerse en contacto con
la Unidad
4.
HPLC Desnaturalizante (D-HPLC)
- La DHPLC es un método de cromatografía
líquida de alto rendimiento, en el
cual se separan fragmentos de ADN según
su tamaño o según la presencia
de heteroduplex (cadenas de ADN reasociadas)
durante su tránsito por un gradiente
de una columna. Entre sus aplicaciones destacan:
- Detección de SNPs y mutaciones:
screening a gran escala mediante D-HPLC
que permite detectar homocigoto/heterocigoto
sin necesidad de conocimiento previo del
SNP o cualquier variación nucleotídica.
- Análisis de fragmento de ADN
(sizing)
- Control de calidad de producto de PCR
- Descubrimiento de nuevas mutaciones
y polimorfismos en cualquier fragmento
de ADN o en cualquier secuencia específica
de un gen
- Evaluación de clones para identificar
fragmentos candidatos para secuenciación
- Evaluación de la fidelidad de
fragmentos amplificados
- Diagnóstico de la presencia de
mutaciones conocidas
Para
el uso de este servicio ponerse en contacto
con la Unidad
- Soporte técnico
El Servicio pone a disposición
de los usuarios la asesoria científica-técnica
necesaria para ser usuarios de este Servicio.
También prestamos la asesoría
informática necesaria, para realizar
los análisis relacionados con el
ensamblaje, edición, alineamiento,
búsqueda de secuencias homólogas,
relaciones filogenéticas, detección
de motivos, análisis de uso de codones,
comparación de la secuencia problema
con las publicadas en las bases de datos,
análisis de microsatélites,
etc...
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