Con el equipamiento de que dispone actualmente esta Unidad se puede realizar la separación de proteínas y su identificación. La separación se realiza mediante IEF en la primera dimensión (1D) y por SDS-PAGE en la segunda (2D), de acuerdo con las especificaciones en lo que respecta al intervalo de pH, al porcentaje de acrilamida y al método de tinción (Coomassie, plata o fluorescencia).

Para la identificación de manchas proteicas en geles 2D o 1D (SDS-PAGE), los geles se pican, se digieren con tripsina y se aplican en la placa de MALDI automáticamente. Los espectros se pueden adquirir mediante espectrometría de masas tipo MALDI-TOF y la identificación se lleva a cabo por huella peptídica y búsqueda en bases de datos. En el caso de muestras complejas como bandas de geles 1D, se ofrece la posibilidad de realizar LC-MALDI-TOF: una separación cromatográfica previa de los péptidos resultantes de la digestión y la recogida y análisis automático de las fracciones obtenidas por MALDI-TOF.

Una vez obtenida la huella peptídica, se confirma la identificación de la proteína por fragmentación y secuenciación (MS/MS) de hasta 3 péptidos seleccionados en cada espectro. Los datos de MS y de MS/MS se analizan conjuntamente mediante búsqueda en bases de datos.