Tema 6. Genómica

SUMARIO

  1. Introducción a los sistemas de secuenciación masivos o sistemas NGS
  2. Secuenciación masiva: sistemas NGS (Next Generation Sequencing), también llamada MPS (Massive Parallel Sequencing) o High Throughput Sequencing (HTS)
  3. Procesado y ensamblado de secuencias genómicas
  4. Genotipado de SNP y búsqueda de variantes
  5. Epigenética: análisis individual y masivo de la metilación del ADN
  6. PRÁCTICAS Y PROBLEMAS DEL TEMA 6
  7. Tutoriales de interés

1. INTRODUCCIÓN A LOS SITEMAS DE SECUENCIACION MASIVA O SISTEMAS NGS

 

2. DESCRIPCIÓN DE LOS SISTEMAS DE SECUENCIACIÓN MASIVA DE SEGUNDA Y TERCERA GENERACIÓN


Sistemas NGS de SEGUNDA GENERACIÓN que requieren de la amplificación del ADN

Consideraciones:

  • ¿Por qué se requiere la amplificación?
  • ¿Qué problemas ocasiona la amplificación mediant PCR?
    • Clonación con "bias"
      • Algunas secuencias se amplifican mejor que otras (peor, las de mayor G+C)
      • No hay cobertura uniforme en la secuenciación.
      • Pueden confundirse con secuencias repetitivas
    • Mutaciones incontrolables e introducidas al azar durante el proceso de amplificación
    • Problemas con la emPCR (PCR en emulsión)
    • Introducción de los errores "en fase"
      • Obliga a obtener secuencias cortas
    • Mayor laboreo

Sistemas de secuenciación obsoletos o discontinuados

  • El sistema 454 de Roche (con intención de ser discontinuado en 2016)

     

    • Una visión general del sistema SOLiD

MÁS INFORMACIÓN

Sistemas NGS de TERCERA GENERACIÓN que NO requieren amplificación del ADN (Next Next NGS)

  • Ventajas e incovenientes de estos sistemas

 


Sistemas NGS de Cuarta Generación de secuenciación masiva (no requieren PCR y no usan ADN polimerasa)

 

 

 


MÁS INFORMACIÓN

 

3. Procesado y ensamblado de secuencias genómicas

4. Genotipado de SNP y búsqueda de variantes
  • Alignment and Polymorphism Detection
  • BFAST – Blat-like Fast Accurate Search Tool, Nils Homer, Stanley F. Nelson and Barry Merriman, University of California, Los Angeles 
5. Epigenética y otras técnicas relevantes

Cúanta secuenciación se necesita para hacer un CHiP-Seq

 


Tutoriales de interés


Mas información

Bibliografía e informacion adicional