Tema 8. Metagenómica y otras técnicas de relevancia

1. Estudio de la diversidad microbiana. Aplicaciones.
2. Interactómica: métodos para estudiar la interacciones proteína-proteína.
3. Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP).
4. Biotinilación del ARN.
5. Diseño de cebadores para PCR.
   • Programa Oligo y servidores WEB especializados.
   • Diseño de cebadores degenerados para PCR.
6. Optimización de la PCR.
7. PCR en tiempo real y Digital PCR.

1. Metagenómica: Estudio de la diversidad microbiana. Aplicaciones

• Acceso al programa Mothur
• Acceso a la página del proyecto HMP (Human Microbiome Project) del NIH americano

3. Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-Seq) o cómo estudiar las interacciones ADN-proteínas

• Chip-Seq. Descripción
• ChIP-Chip versus ChIP-Seq
• Página WEB con información sobre el ChIP-Seq, con bibliografía y ejemplos de aplicaciones
• Documento sobre la secuenciación ChIP-Seq con Illumina
• Otro documento con información sobre el ChIP-Seq de Illumina
• Protocolo para la obtención de muestras para ChIP

Más información

• Vídeo youtube que muestra como usar el programa Galaxy para analizar los datos ChIP-Seq (Parte 1)
• Vídeo youtube que muestra como usar el programa Galaxy para analizar los datos ChIP-Seq (Parte 2)

4. Biotinilación del ARN y sus aplicaciones

5. Diseño de cebadores para PCR

• Página WEB del programa Oligo (comercial)
• Presentación en PowerPoint del programa Oligo
• Acceso al tutorial del programa Oligo
• Manual de usuario del programa Oligo
• Otros programas y servidores WEB para el diseño de cebadores
  • Primer-BLAST, servicio de diseño del NCBI americano
  • Varios programas para el diseño de PCR
• Diseño de cebadores degenerados
  • Usando el concepto CODEHOP

6. Optimización de la PCR

• El método Taguchi para la optimización de las reacciones de PCR (artículo)
• Página EXCEL para la optimización del método Taguchi

7. PCR en tiempo real y Digital PCR

• Introducción al Digital PCR
• Un vídeo que muestra cómo funciona Digital PCR con Life technologies
• El sistema Digital PCR de Bio-Rad (con droplets y emPCR)
• El sistema Digital PCR de fluidigm
• Aplicaciones

Bibliografía (puede ser accesible solo desde la UCO o a través del sistema PAPI)

• Karen E. Nelson. Microbiomes. Microbial Ecology (2013) 65: 916-919