PRÁCTICA FINAL DE LA ASIGNATURA

1. Obtenga esta secuencia y genere un archivo de texto en formato fasta
2. ¿Contiene esta secuencia algún gen?
3. Si contiene algún gen ¿Está la secuencia al derecho o al revés?
4. ¿De qué organismo se ha aislado esta secuencia?
5. ¿Contiene esta secuencia algún CDS?
6. Indique cual es la fase de lectura más probable del CDS contenido dentro de esta secuencia
7. Si hubiera más de una alternativa con los CDS. ¿Cúal cree que es la CDS correcta y por qué?
8. ¿Cree que se trata de la secuencia de un ARNm o de la secuencia genómica? ¿Por qué?
9. Indique los números de accesión tanto de la proteína que codifica como de la secuencia de ADN genómico
10. Extraiga de la secuencia de ADN las secuencias correspondiente al CDS, al líder y a la zona 3'UTR
11. Obtenga la secuencia genómica publicado en el NCBI tanto en formato FASTA como en formato GenBank con todas sus anotaciones y genere con ellas archivos de texto
12. ¿Podría conseguir un esquema gráfico de cómo es la estructura de este gen en el genoma?
13. ¿Contiene este gen en el genoma intrones?
14. ¿Hay genes ligados a este gen que pudieran formar parte de un cluster de genes relacionados en una misma función?
15. Indique cúal es la posible función biológica de este gen (hasta donde pueda llegar)
16. Obtenga alguna bibliografía científica relevante en relación a este gen ( (hasta donde pueda llegar)
17. Indique algunos dominios conservados que pueda contener este CDS
18. ¿Hay alguna parte del dominio conservado que sea especialmente relevante o conservado?
19. Cree un archivo con el uso de codones de este gen
20. ¿Sería capaz de diseñar algunos cebadores para clonar este o parte del CDS de este gen mediante PCR? . En particular:
• Diseñe cebadores para la secuencia genómica que incluya al menos parte de 2 exones distintos
• Diseñe cebadores para la secuencia de ARNm
21. Haga una comparación de esta secuencia mediante Clustal Omega con las primeras 10 secuencias de proteinas obtenidas a partir de un BlastP. Consiga un dendrograma de dicha comparación
22. Obtenga un archivo en el que se indique los sitios de corte por enzimas de restricción de esta secuencia (la obtenida en el punto 1)
23. ¿Tiene esta secuencia sitios de glicosilación, fosforilación o de alguna molécula que la modifique?
24. Obtenga evidencia de dónde se puede estar expresando este gen, en qué compartimento celular se podría estar expresando
25. ¿Tiene esta secuencia algún péptido señal que indique que se va a exportar a algún compartimento?
26. Entre en esta página y aplique a las secuencias algunas herramientas, aquellas que considere más oportuna. Trate de justificar por qué y para qué las ha usado. Seleccione las que considere más relevantes. No las use todas..

Preguntas añadidas o modificadas tras la publicación de esta tarea el 29-4-2014..