Sitios Web donde se pueden hacer alineamientos de las secuencias |
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| Nombre del Sitio | Referencia | |||
| Alineador de bloques Bayes | Zhu et al. (1998) | |||
| BCM Search Launcher: | ver sitio Web | Este servidor provee acceso a un número de sitios WEB que ofrecen la posibilidad de hacer comparaciones de pares de secuencias entre ácidos nucleicos, entre secuencias de proteínas y entre un ácido nucleico y una de proteína. | ||
| SIM—Para encontrar alineamientos alternativos locales | Huang et al. (1990); Huang and Miller (1991); Pearson and Miller (1992) | |||
| Programas Alineamientos Globales (GAP, NAP) | Huang (1994) | |||
| Conjunto de programas FASTA | Pearson and Miller (1992); Pearson (1996) | Ver comentario al pie de la tabla | ||
| Alinemientos BLAST 2 (BLASTN, BLASTP) | Altschul et al. (1990) | El algoritmo BLAST que normalmente se usa para realizar búsquedas en las bases de datos, también puede usarse para realizar lacomparación de dos secuencias | ||
| Alineamientos secuencias Likelihood-weighted (lwa) | ver sitio Web | |||
Comentario del conjunto de programas FASTA de la Universidad de Virginia
El programa FASTA se usa normalmente para realizar una búsqueda de secuencias en una base de datos, pero también constituye un método alternativo para realizar una comparación de un par de secuencias mediante elalgoritmo de programación dinámica. En pocas palabras: es capaz de encontrar todos los patrones de similitud que existan entre ambas secuencias. Si encuentra múltiple patronescon similitud, usa esta información para realizar un alineamiento mediante el algoritmo de programación dinámica. Las antiguas versiones del programa FASTA realizaban fundamentalmente alineamiento globales, pero las versiones más recientes son capaces de realizar alinemientos locales mostrando una evaluación estadística de dichas comparaciones. El programa PLFASTA que forma parte del conjunto de programas FASTA es capaz de proporcionar una gráfica de las regiones con mejor homología muy parecido al que se obtiene con un programa de matriz de puntos capaz de dar indicaciones de alineamientos alternativos. A este conjunto de programas FASTA también se puede acceder desde las páginas de Genestream. Se incluyen los programas:
NOTA:
También se pueden obtener versiones de estos programas que pueden ejecutarse
en un entorno de comandos en un ordenador personal como un PC o un Macintosh.
Estos programas pueden obtenerse desde un servidor FTP de la Universidad
de Virginia.
Una descripción de los métodos probabilísticos de alinear
dos secuencias se describe en el libro por Durbin et al. (1998).