TIPOS DE ALINEAMIENTOS DE SECUENCIAS

 

Otro ejemplo

alineamiento

Ejemplo de alineamientos realizado con dos secuencias de proteínas. Resultados similares pueden obtenerse cuando usamos secuencias de bases. Las barras verticales indican losaminoácidos o bases que son comunes entre ambas secuencias

Antes que nada, indicar algo importante. Sea cual sea el método que uses para hacer las comparaciones, siempre obendrás resultados (siempre se encontrará homología), aunque las dos secuencias que comparas no tengan relación entre sí. Luego hay que aplicar ciertos criterios y el sentido común para determinar que información podremos obtener de dicha comparación y si ésta es significativa o no.

 

Alineamientos Globales: Se hace un intento de alinear las secuencias completas, usando el mayor número de bases o aminoácidos que sean posibles. Se trata de encontrar el máximo número de bases o aminoácidos en común, y se intenta incluir ambos extremos de la secuencias. Estos alineamientos se recomiendan cuando:

  • Se pretende realizar comparaciones en las que se quiera localizar homología de la secuencia completa.
  • Se comparan secuencias que son muy similares entre sí.
  • Las secuencias tienen aproximadamente la misma longitud.

Con este método, si las secuencias son realmente similares entre sí, observaremos que hay homología a todo lo largo de la secuencia. Aquí teneis un ejemplo.

SI por el contrario las secuencias no son similares, veremos que habrá porciones de la secuencia con homología, pero que ésta no es significativa. Aquí tiene un ejemplo.

Hay que destacar que siempre aparecerán regiones con similaridad usando este método. Se trata de advertir si estas comparaciones son significativas o no.

 

Alineamientos Locales: se buscan porciones de la secuencia con el mayor grado de similaridad posible. Los métodos (algoritmos) de búsquedas proporcionan una o más regiones o "islas" de homología. Las zonas de homología no se extienden a ambos extremos de las secuencias que se comparan, si no que se restringe a los extremos de las regiones donde se encuentra la homología. Este método se recomienda cuando:

  • se pretende encontrar zonas discretas de gran homología en una proteína, aunque el resto de la proteína no se parezca nada a las "islas" que los programas son capaces de reconocer. Estas zonas discretas pueden ser, por ejemplo, dominios conservados en las secuencias de proteínas.
  • No obstante, también es válida para hacer comparaciones de la secuencia completa ya sea de proteínas como de ácidos nucleicos. En este caso, la zona que se compara se extiende a la secuencia completa.