Conviene distinguir dos tipos fundamentales de factura electrónica: la factura electrónica con formato estructurado y la factura electrónica con formato no estructurado.
Ambas son documentos electrónicos susceptibles de ser transmitidos mediante redes de comunicaciones electrónicas, como Internet. La diferencia estriba en que el formato estructurado facilita su tratamiento automatizado mientras que el no estructurado no lo facilita.
Facturas en formato estructurado
Las facturas en formato estructurado contienen datos y pueden ser generadas automáticamente por los sistemas informáticos de facturación del emisor y ser tramitadas de forma igualmente automatizada por los sistemas informáticos de pago y contabilidad del receptor. Ejemplos de formatos estructurados son los que utilizan el lenguaje XML (como UBL o Facturae), EDIFACT, etc.
Facturas en formato no estructurado
Las facturas en formato no estructurado consisten esencialmente en una imagen, lo que implica que su procesamiento para poder ser introducidas en los sistemas informáticos del receptor requiere una intervención manual o un proceso costoso que no suele estar completamente automatizado, como el reconocimiento óptico de caracteres (OCR). Entre estas tenemos las facturas en papel escaneadas y los ficheros PDF.