El Sistema de Gestión de Calidad y Medio Ambiente es una herramienta para la mejora continua de los procesos desarrollados por el SEPA, orientada a conseguir la satisfacción de los clientes (en el caso del SEPA, toda la comunidad universitaria) y la mejora de su desempeño ambiental.El cumplimiento de los requisitos establecidos en las normas ISO 9001 y 14001 proporciona confianza en el logro de estos propósitos, a través de una progresiva reducción de defectos y desviaciones, el planteamiento de objetivos de mejora cada vez más exigentes y la consecución de los requisitos de calidad y ambientales demandados.

La certificación del sistema se materializa por medio de auditorías realizadas por entidades certificadoras independientes y externas a la UCO. El equipo auditor resaltó en sus informes la implicación del personal del SEPA, su concienciación con el Sistema de Calidad y Medio Ambiente y el interés por la mejora de la Universidad de Córdoba. También resaltaron el uso de herramientas de gestión informáticas sencillas y fáciles de emplear, y a la vez plenamente eficaces, para el control y agilización de los procesos que se llevan a cabo.Otros puntos fuertes a destacar fueron la labor realizada en la identificación de requisitos legales y reglamentarios, así como el estado general de los almacenes de residuos peligrosos (incluidos, junto con las propias oficinas del SEPA en el alcance de la certificación) con un diseño e instalaciones que aseguran la correcta gestión y almacenamiento temporal de estos residuos.
Los auditores señalaron también áreas de mejora en las que el SEPA debería profundizar, como por ejemplo potenciar la web del SEPA, en la comunicación a la comunidad universitaria de los aspectos ambientales y aumentar la integración en las actividades docentes y no docentes de la Universidad para incrementar la implicación y participación de estudiantes y personal en las acciones de mejora ambiental en la UCO.
Tanto el rector como el vicerrector de Desarrollo Normativo han felicitado al equipo del SEPA por este logro, que redundará en una mejora progresiva de gestión ambiental de la UCO.