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93 (Mar) pp 1-108
41 (Mar) pp 1-100
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AN EC-FUNDED PROJECT ON CHARACTERISATION OF GENETIC VARIATION IN THE EUROPEAN PIG. OBJECTIVES, ORGANISATION, BREED SAMPLING, DNA PREPARATION AND CIRCULATION
UN PROJET FINANCÉ PAR LA COMMUNAUTÉ EUROPÉENNE SUR LA CARACTÉRISATION DE LA VARIATION GÉNÉTIQUE DU PORC EUROPÉEN. OBJECTIFS, ORGANISATION, ÉCHANTILLONNAGE DES RACES, PRÉPARATION ET CIRCULATION DE L

Ollivier, L.1, Y. Amigues2, M.-Y. Boscher2,

1, Station de Génétique quantitative et appliquée. INRA 78352 Jouy-en-Josas cedex. France.
2, Labogena. 78352 Jouy-en-Josas cedex. France.

Additional keywords
Pig. Breed. Genetic diversity. Sampling. Genetic marker.
 
Mots clés additionnels
Porc. Race. Diversité génétique. Échantillonnage. Marqueur génétique.
 
Summary
The overall objective of the project (PigBioDiv) was to demonstrate the applicability of molecular biology tools for evaluating pig genetic diversity. Use was made of two marker technologies, namely microsatellites and arbitrary amplification of fragment length polymorphism (AFLP). Altogether, including this project (PigBioDiv) and a previous pilot project (PiGMaP), s eventeen European teams and an international organisation (FAO) contributed to the work. This paper outlines the various tasks which were shared among the participants and particularly the sampling scheme and the subsequent circulation of the DNA samples among the partners. DNA was extracted from about 50 pigs from each population. The populations considered included 69 European domestic breeds (or lines) and, in addition, the Chinese Meishan breed and a sample of European wild pigs. The European populations sampled belonged to 3 categories, namely local breeds, national varieties of international breeds and commercial lines mostly derived from the previous category. Difficulties were met during the project, particularly in sampling rare breeds under extensive conditions. The number of individuals and the diversity of origin recommended could not be reached in a few local breeds. Although the problems encountered significantly compromised the work plan initially intended, it was possible to complete all tasks that were proposed. The project has demonstrated how effectively commercial and public sector entities can work together. Guidelines have been developed in the project in view of more efficient international implementations of the approach.
 
Résumé
Le projet PigBioDiv se donnait comme objectif de démontrer les possibilités d"application des outils de biologie moléculaire à l"évaluation de la diversité génétique du porc. Deux technologies de marquage ont été utilisées, à savoir les microsatellites et l"amplification arbitraire de polymorphisme de longueur de fragment (AFLP). En tout, si on regroupe ce projet (PigBioDiv) et un projet-pilote précédent (PiGMaP), dix sept équipes européennes et une organisation internationale (FAO) ont participé aux travaux. Cet article décrit la répartition des différentes tâches et notamment le protocole d"échantillonnage et la circulation des échantillons d"ADN entre les participants. Les populations considérées incluaient 69 races (ou lignées) européennes domestiques, auxquelles s"ajoutaient la race chinoise Meishan, et un échantillon de sanglier européen. Les populations européennes échantillonnées appartenaient à 3 catégories, à savoir des races locales, des variétés nationales de races internationales et des lignées commerciales dérivées en majorité de la catégorie précédente. Des difficultés sont apparues au cours du projet, particulièrement dans l"échantillonnage des races à petit effectif dans des conditions d"élevage extensif. Le nombre d"individus par race et la diversité des origines n"atteignaient pas le niveau recommandé dans quelques races locales. En dépit des problèmes rencontrés, qui ont compromis de manière significative le plan de travail initial, toutes les tâches prévues furent menées à bien. Le projet a montré comment des organismes du secteur public et du secteur privé peuvent travailler ensemble très efficacement. Des recommandations ont été établies durant le projet en vue de mettre en oeuvre plus efficacement des projets internationaux similaires.
 
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